Wraz z proklamowaniem Prus Książęcych i założeniem uniwersytetu w XVI wieku Królewiec zaczął przyciągać uczonych, duchownych i artystów. Później działali tu uznani naukowcy, szczególnie w zakresie nauk politycznych, prawnych i przyrodniczych. W tym kręgu szczególnie wyróżnia się Immanuel Kant jako jeden z najważniejszych światowych filozofów.
Jednak najważniejsze osiągnięcie naukowe Prus zostało dokonane nie w Królewcu, lecz w Olsztynie i Fromborku dzięki Mikołajowi Kopernikowi. To on obalił średniowieczny pogląd, jakoby planety we Wszechświecie miały się kręcić wokół Ziemi.
Astronomia, dzięki obserwatorium oraz pracom matematyków na temat ruchów ciał niebieskich, pozostała jednak w centrum zainteresowań naukowych Uniwersytetu w Królewcu. Także Immanuel Kant prowadził badania astronomiczne, równolegle z refleksją filozoficzną.
W czasie kryzysu państwa pruskiego, spowodowanego okupacją francuską w latach 1807-1813, tacy studenci królewieckich koryfeuszy Oświecenia jak Theodor von Schön czy Friedrich Leopold von Schrötter przeforsowali swoje idee reformacyjne i gruntownie zmodernizowali całe Prusy.
Niewielki wybór profesorów:
Simon Dach (1650–1659), poeta okresu baroku
Christian Jacob Kraus (1753–1807), oświeceniowiec i kameralista
Karl Lachmann (1793–1851), filolog języków starożytnych i mediewista
Eduard von Simson (1810–1899), sędzia, parlamentarzysta, przewodniczący Reichstagu
Andreas Osiander (1498–1552), teolog i reformator
Johann Friedrich Herbart (1776-1841), filozof, psycholog i pedagog
Johannes Voigt (1786-1863), archiwista i historyk
Felix Dahn (1834–1912), prawnik, historyk i autor
Adalbert Bezzenberger (1851-1922), filolog języków bałtyjskich
Herrmann von Helmholtz (1821–1894), fizjolog i fizyk
Niewielki wybór studentów:
Johann Christoph Gottsched (1700–1766), pisarz, dramaturg i językoznawca
David Hilbert (1862–1943), matematyk
Theodor Gottlieb von Hippel der Ältere (1741–1796), oświeceniowiec, nadburmistrz Królewca
Theodor Gottlieb von Hippel der Jüngere (1775–1843), reformator, polityk
Johann Georg Hamann (1730–1788), filozof i pisarz
Ferdinand Gregorovius (1821–1891), historyk i pisarz
Johann Gottfried Herder (1744–1803), teolog, poeta, kulturoznawca
Gustav Robert Kirchhoff (1824–1887), fizyk
E.T.A. Hoffmann (1776 –1822), pisarz, rysownik, kompozytor
Hermann Minkowski (1864–1909), matematyk i fizyk
Arnold Sommerfeld (1868–1951), fizyk
Hermann Sudermann (1857–1929), prozaik, dramatopisarz
Ernst Wiechert (1887–1950), pisarz