Gdy w czasie II wojny światowej Prusom Wschodnim zagroziła rosyjska ofensywa, krajowy koniuszy zaczął przeprowadzać konie z głównej stadniny w bezpieczne miejsce. Najpierw przetransportowano na zachód ogierki. W październiku 1944 r. umieszczono pozostałe 668 koni ze stadniny w Trakenach w różnych stajniach. 290 zwierząt trafiło do Meklemburgii, gdzie pod koniec wojny wpadły w ręce armii sowieckiej. Tylko 27 z nich udało się przemycić przez granicę do Szlezwiku-Holsztynu. Razem z 58 ogierkami w Solling w Dolnej Saksonii były to jedyne konie z głównej stadniny, które znalazły się w zachodnich strefach powojennych Niemiec.
W styczniu 1945 r. tysiące koni ciągnęły ciężkie wozy uciekającej ludności cywilnej. Ale tylko nieliczne przeżyły ucieczkę i głód lat powojennych. Wkrótce zaczęto rejestrować nieliczne ocalałe trakeny i z wielkim trudem kompletować nowe stado w prywatnym majątku. Do tej pory nie krzyżuje się z trakenami żadnych innych ras poza końmi pełnej krwi.
Ilustracja: Konie pochodzenia trakeńskiego w Rantzau, Szlezwik-Holsztyn, około 1950 r. W kilku miejscach, zwłaszcza w północno-zachodnich Niemczech, po 1945 r. podejmowano próby skupienia koni pochodzenia trakeńskiego, które uciekły z Prus Wschodnich, i kontynuacji hodowli czystej rasy. Trakeny hodowano w Rantzau do lat 90. XX wieku.
Fot. archiwum Erharda Schulte