Prusy Wschodnie leżą na granicy dwóch stref klimatycznych: zachodnio-atlantyckiej o łagodnych temperaturach rocznych oraz wschodnio-kontynentalnej o krótkich, gorących latach i długich śnieżnych zimach. Dlatego też przez ten region przebiegają granice występowania licznych gatunków roślin i zwierząt. Lasy liściaste, niegdyś dominujące na zachodzie, przechodzą w typowe dla wschodu lasy mieszane. Klimat wpływa na wzrost, np. samce sarny mają tu silniejsze poroże niż kozły żyjące dalej na zachodzie.
Karczowanie terenu przez ludzi, od średniowiecza rozprzestrzeniających się od zachodu, zniszczyło istniejącą tu wcześniej zwartą puszczę. Otwarty krajobraz uprawny powstał zwłaszcza na cennych rolniczo ziemiach gliniastych. Jednak stosunkowo mała populacja ludzi i wiele kompleksów leśnych nadal tworzyły warunki dla rozwoju flory i fauny, w tym także rzadkich gatunków. To bogactwo natury i szczególne cechy krajobrazu, w którym współgrają obrazy morza, jezior, lądu i chmur, wciąż wywierają niezwykłe wrażenie.