Krajobraz Prus Wschodnich charakteryzował się różnorodnością siedlisk przyrodniczych oraz terenów wykorzystywanych w gospodarce rolnej i leśnej. Pamięć tej krainy kształtuje obraz plaż Morza Bałtyckiego, rozległych, ciemnych puszcz, ponad tysiąca małych i rozległych, głębokich i płytkich jezior oraz obłoków gwałtownie przepływających po wysokim sklepieniu nieba.
W XIII wieku wraz ze wzrostem osadnictwa obszar lasów zmniejszył się na rzecz rozległych obszarów rolniczych. Rolnictwo wyparło pierwotną roślinność, szczególnie w dolinach rzek i na urodzajnych glebach. Jednak wiele gatunków dużych zwierząt, takich jak tur, żubr, dziki koń (tarpan), niedźwiedź brunatny i łoś, przetrwało o wiele dłużej w rzadko zaludnionym krajobrazie Prus Wschodnich niż w regionach dalej na zachód. Klimat Prus Wschodnich cechował się krótkimi, gorącymi latami i długimi, surowymi zimami. Temperatury na wybrzeżu Morza Bałtyckiego zawsze były nieco łagodniejsze; także opady deszczu występowały tu częściej niż na wschodzie prowincji o bardziej kontynentalnym klimacie, gdzie do 1945 r. notowano najniższe temperatury zimowe w Niemczech.