Obszar późniejszych Prus Wschodnich zapewniał większe swobody religijne niż wiele państw Europy, z czego korzystali nie tylko Żydzi. Polska szlachta w księstwie ewangelickim sprawowała pieczę nad mniejszością katolicką. Natomiast szlachta reformowana, dominująca w kraju w większości luterańskim, wolała sprowadzać hugenotów, Szkotów, Szwajcarów i przybyszów z Hesji-Nassau.
W Kraju Kłajpedzkim zamieszkiwali mennonici. W wielu krajach byli prześladowani z powodu odmowy służby wojskowej i chrztu niemowląt – akceptowali jedynie chrzest świadomych dorosłych – ale w Prusach tolerowano ich jako rzetelnych rolników i rzemieślników.
Tolerancja religijna trwała także w XIX w., kiedy w 1825 r. zezwolono filiponom na zakładanie wsi na nieuprawnych gruntach w lasach mazurskich. Filiponi byli to prawosławni staroobrzędowcy, prześladowani w Rosji. Z kolei w 1846 roku teolog Julius Rupp założył w Królewcu jeden z pierwszych kościołów protestanckich niezależnych od państwa.
Zdjęcie: Kościół mennonicki w Plauschwarren