Podbój plemion Prusów trwało od 1231 do 1283 roku, pomimo potężnych powstań przeciwko Krzyżakom. W trakcie podboju budowano nowe zamki zakonne. Od 1309 roku wielki mistrz rezydował w Malborku, największej i nigdy niezdobytej ceglanej twierdzy w Europie.
W Inflantach atak na wschód zakończył się w 1242 r. porażką Zakonu z wojskami nowogrodzkimi pod dowództwem Aleksandra Newskiego. Po opanowaniu ziem Prusów Krzyżacy toczyli wojny z Litwinami, wówczas jeszcze poganami.
Zakon Krzyżacki słynie z rycerstwa i potężnych zamków. Zakon wykreował autostereotyp, w którym wykonywanie obowiązków duchowych i świeckich jako administratora kraju determinowała „walka przeciwko pogaństwu”.
Bracia rycerscy, którzy później wywodzili się głównie ze szlachty, wstępując do zakonu dostarczali konia i uzbrojenie. Do walki ruszali w ciężkich pancerzach, dlatego uważano ich za niezwyciężonych – także dzięki rosłym rumakom bojowym, nawet jeśli lżejsze uzbrojenie ich wrogów bywało skuteczniejsze w lasach i na bagnach.
Ilustracja:
Podboje Zakonu Krzyżackiego w Prusach, budowa zamków i lokacja miast
Natarcie Zakonu przebiegało najpierw wzdłuż linii Wisły, a następnie wybrzeża Bałtyku. Po klęskach zakonu w Inflantach nastąpiły powstania Prusów (1242-1249 i 1260-1274), podczas których niszczono zamki. Utrata znacznej części już zdobytych ziem kilkakrotnie zagrażała władzy zakonnej. Jednak dzięki ciągłym posiłkom z Zachodu braciom udało się utrzymać władzę. Po podboju Prusów przybyli osadnicy, głównie z Brandenburgii, Pomorza i Śląska, którzy obok osad pruskich zakładali nowe wsie i miasta.